水系设计的重点内容包括以下几个方面：水体结构与功能、生态环境、水资源管理、污水处理和水环境保护。
首先，水系设计需要考虑水体的结构和功能，包括河流、湖泊、水库等水域的形态和规模，以及对应的水资源调配、洪涝调控、生态保护等功能。设计师需要根据不同地理环境和应用要求，合理规划水体的形态和布局，确保水体在城市规划中发挥多种功能。
其次，水系设计还需要考虑生态环境，包括水生生物多样性、湿地保护、水生植被等方面。设计师需要通过科学的方法和技术手段，保护和恢复水体的生态系统，提高水体的自正能力，减少水体污染，促进自然生态的平衡和可持续发展。